Чиновник сообщил, что в последние дни администрация ВАО получила много жалоб из Роспотребнадзора, из-за чего было принято решение закрыть рынок на санитарные дни для устранения указанных нарушений. Когда рынок продолжит работу, Евтихиев не уточнил.
СКП РФ распространил заявление, в котором обязал московские власти в течение месяца отчитаться об устранении нарушений на рынке.

Ситуация на Черкизовском рынке попала в поле зрения СМИ, когда в начале июня премьер-министр РФ Владимир Путин, говоря о недостатках в работе таможни, рассказал о некоем крупном рынке, на котором изъяли контрабанды на несколько миллиардов рублей. Вскоре генпрокурор РФ Юрий Чайка сообщил, что на складах Черкизовского рынка обнаружены несколько тысяч контейнеров с контрабандными товарами, которые, к тому же, представляют опасность для здоровья.
Впоследствии глава СКП РФ Александр Бастрыкин назвал рынок "гадюшником" и рассказал, что создан оперативный штаб по его закрытию. В штаб вошли представители ФСБ, ФТС, МВД, СКП и Генпрокуратуры. Московский мэр Юрий Лужков заявил, что рынок может прекратить работу уже к концу 2009 года. К проверке рынка подключился и Госнаркоконтроль.

Одновременно с этим разгорелся скандал вокруг Российского государственного университета физической культуры, спорта и туризма. Его бывший ректор якобы незаконно сдавал в аренду организациям, работающим на Черкизовском рынке, земельные участки, находящиеся в федеральной собственности. Институт, в свою очередь, заявил, что перестал сдавать территорию в аренду, однако арендаторы ее так и не освободили. Впоследствии 140 тысяч квадратных метров земли физкультурникам вернули.

Основным владельцем рынка является предприниматель Тельман Исмаилов. Одновременно с началом расследования дела о контрабанде на складах Черкизовского рынка СМИ стали писать о том, что Исмаилов открыл в Турции гостиницу Mardan Palace стоимостью 1,3 миллиарда долларов. Власти Антальи начали проверку законности строительства здания.